Esta dica foi usada neste blog após uma conversão de Wordpress para Jekyll. O conversor acabou deixando os links no formato HTML.

Rodei o código abaixo na pasta _posts do blog em Jekyll. Faça backup dos seus arquivos antes de executar.

sed -i -- 's/<a href=["]\([^"]*\)["][^>]*>\([^<]*\)<\/a>/[\2](\1)/igm' *.md
<!--Exemplo-->

<!--antes-->
<a href="https://github.com/fonini" rel="nofollow">Meu Github</a>

<!--depois-->
[Meu Github](https://github.com/fonini)